宋元時，東林鎮(zhèn)區(qū)（含錦山）及周圍一帶村坊屬歸安縣長壽鄉(xiāng)，青山集鎮(zhèn)及周圍一帶村坊屬烏程縣永新鄉(xiāng)[清同治《湖州府志》卷四引宋嘉泰《吳興志》、1947年1月吳興縣文獻(xiàn)委員會出版《吳興縣行政區(qū)劃沿革》]。

明清時，屬烏程縣一區(qū)、歸安縣十八至二十區(qū)。

1912年初，屬中錦鎮(zhèn)、菁山鄉(xiāng)。

1935年擴(kuò)并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，轄境為東林鄉(xiāng)、錦驤鄉(xiāng)、泉溪鄉(xiāng)、保山鄉(xiāng)和石麟鄉(xiāng)南部、菁山鎮(zhèn)。

抗戰(zhàn)勝利后，東林、錦驤、保山三鄉(xiāng)和石麟鄉(xiāng)南部合并為東林鄉(xiāng)。

中華人民共和國成立初為東林、東保、錦山、泉溪、菁山五鄉(xiāng)，屬吳興縣。

1956年4月，東林、東保、錦山、泉溪四鄉(xiāng)并為東林鄉(xiāng)。

1958年10月，為菱湖公社東林、東保、東華、錦泉4個生產(chǎn)管理區(qū)。

1961年改建東林、錦山、菁山3個公社。

1983年11月屬湖州市郊區(qū)，1984年2月改鄉(xiāng)，1988年11月撤郊區(qū)直屬湖州市。

1996年1月，東林、錦山撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。

1999年10月，錦山鎮(zhèn)并入東林鎮(zhèn)。

2001年6月，青山鄉(xiāng)并入。

2003年1月11日，屬吳興區(qū)。