建國時屬初陽鄉(xiāng)榅樹根村，1950年劃為二源鄉(xiāng)，1952年建初級社，1956年轉為高級社，公社化時建大隊，1984年設置行政村，2003年11月11日文政發(fā)（2003）122號文件批復，由原榅樹根村，半山村兩個行政村合并組成一個行政村，2011年4月劃歸百丈漈鎮(zhèn)。

經兩個村領導班子討論決定沿用榅樹根村村名，并村后劃歸新東片，建設榅樹根村中心村。

2016年屬二源鎮(zhèn)。

2019年榅樹根村、坑底村合并建立榅樹根村。