南宋咸淳間(1265-1274)屬於潛縣潛川鄉(xiāng)，明成化間(1465-1487)屬潛川后鄉(xiāng)，清嘉慶十七年(1-812)亦屬潛川后鄉(xiāng)。

民國初屬紫溪鄉(xiāng)，民國21年(1932)馬頭山屬里家鄉(xiāng)，民國27年(1938)屬紫云鄉(xiāng)，民國36年(1947)屬紫云鄉(xiāng)至解放。

1950年為青山鄉(xiāng)沈家村.1958年為昌化縣潛川公社青山管理區(qū)馬山生產(chǎn)隊(duì).1960年9月屬臨安縣.1961年為潛川公社馬山生產(chǎn)大隊(duì).1972年為馬山公社馬山大隊(duì).1984年為馬山鄉(xiāng)馬山村.2001年屬潛川鎮(zhèn)。

2007年村規(guī)模調(diào)整，馬山村規(guī)模不變，轄3個自然村。