三都鎮(zhèn)現(xiàn)域，按南宋淳熙《嚴州圖經(jīng)》記載，其時（1174—1189）為建德縣新亭鄉(xiāng)屬地；宋末推行都圖制后，為建德縣二、三、四3個都的屬地；清雍正六年（1728）為建德縣楊家、上公、下公、梓里、洪嶺、里周等莊的屬地。

1912年，系建德縣泰明區(qū)屬地。

1932年，設(shè)置有三都鎮(zhèn)。

1935年，完成鄉(xiāng)鎮(zhèn)整頓后，為三都鎮(zhèn)和楊家、和溪、梓鎮(zhèn)、青云、周雅等鄉(xiāng)的屬地。

解放前后，為三都、前源、洪嶺3個鄉(xiāng)的屬地。

1950年劃建小鄉(xiāng)后，為三都、小里、梓里、前源、洋峨、洪嶺等鄉(xiāng)的屬地。

1956年并鄉(xiāng)后，為三都、前源、洪嶺、梓里（1957年增設(shè)）鄉(xiāng)的屬地。

1958年9月，分屬三都公社、洪嶺公社；1959年底屬三都公社。

1961年分屬三都、梓里、洪嶺（1981年改稱鳳凰）、前源等公社。

1983年先后改鄉(xiāng)。

1985年7月三都撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，1992年撤銷梓里鄉(xiāng)、前源鄉(xiāng)、三都鎮(zhèn)，新設(shè)三都鎮(zhèn)；2005年原鳳凰鄉(xiāng)并入。