1949年屬三港鄉(xiāng)；同年7月撤鄉(xiāng)建區(qū)屬遞鋪區(qū)，稱余墩村；1950年春屬雙港鄉(xiāng)；1956年2月屬雙建鄉(xiāng)；1956年冬，由晨光、余一、余豐三個初級社全合建和平高級社；1958年9月屬遞鋪公社雙港管理區(qū)，稱和平生產(chǎn)隊；1961年8月屬雙建公社，稱和平大隊；1981年3月，更名為余墩大隊；1981年11月改稱鳳凰山公社余墩大隊；1984年1月稱鳳凰山鄉(xiāng)余墩村。

1995年并鄉(xiāng)擴鎮(zhèn)時劃入遞鋪鎮(zhèn)，仍稱余墩村，2001年村改居為余墩社區(qū)。

2014年屬昌碩街道。