古稱銅瀨邑。

西漢元封二年（前109）置銅瀨縣，屬益州郡。

東漢作同瀨。

三國蜀漢屬建寧郡。

唐初設(shè)同起縣，屬南寧州，天寶末廢。

兩爨時為西爨曲軛。

南詔稱曲軛川，屬拓東節(jié)度。

后期設(shè)納垢部，為滇東三十七部之一，宋大理國沿襲，屬石城郡。

元初改稱納垢千戶，轄易龍百戶，屬磨彌萬戶府。

至元十三年（1276），改納垢千戶為馬龍州，屬曲靖路（短期曾隸仁德府）。

明洪武十五年（1382），撤通泉縣入馬龍縣，隸曲靖府。

明弘治七年（1494）改設(shè)流官知州。

清代沿稱馬龍州，隸曲靖府。

1913年，撤州設(shè)縣，改稱馬龍縣，屬滇中道。

1950年3月，成立馬龍縣人民政府，屬曲靖地區(qū)專員公署。

同年10月，改設(shè)3個區(qū)。

1958年10月，撤銷馬龍縣建制，并入曲靖縣。

1961年7月復(fù)置馬龍縣。

1997屬曲靖市。

2018年2月9日，國務(wù)院批準(zhǔn)馬龍縣撤縣設(shè)區(qū)，設(shè)立曲靖市馬龍區(qū)，名稱沿用至今。