西漢屬進桑縣，東漢屬進乘縣，均隸牂牁郡。

蜀漢屬興古郡。

唐為南詔的通海都督轄地。

宋為大理國的最寧府矣尼迦部。

元初屬南路總管府阿僰萬戶府舍資千戶。

明屬云南布政使八寨長官司。

元、明時期均屬龍氏土司領(lǐng)地。

清康熙六年（1667），“改土歸流”屬開化府。

雍正六年（1728）置馬白關(guān)。

雍正八年（1730）設(shè)馬白同知。

嘉慶二十五年（1820）改馬白同知為安平撫彝同知（稱安平廳）。

光緒十五年（1887）都龍、猛洞等地回歸中國，命名歸仁里，屬安平廳。

光緒三十二年（1906）安平廳自開化府移衙至馬白。

民國初屬蒙自道。

1913年，改安平廳為安平縣，因與貴州安平縣重名，1914年1月改為馬關(guān)縣，始得馬關(guān)地名。

1948年10月，建立馬關(guān)縣人民民主政權(quán)，隸屬云南文山專區(qū)。

1968年10月，成立馬關(guān)縣革命委員會。

1981年9月，撤銷縣革命委員會，建立縣人民政府。