元代時期，九保阿昌族鄉(xiāng)境域為南甸路軍民總管府駐地。

明代初期，改為南甸營。

明正統(tǒng)九年（1444年），屬南甸宣撫司，為司署所在地。

清宣統(tǒng)三年（1911年），劃歸騰沖，屬騰越廳。

1956年，九保、勐宋兩村屬騰沖縣，其余屬南甸宣撫司轄地。

同年11月，九保、勐宋劃歸梁河縣，屬河西區(qū)九保鎮(zhèn)。

1958年10月22日，劃歸騰沖縣。

1959年，成立九保公社。

1969年，改名紅旗公社。

1971年，恢復大隊。

1984年，設九保區(qū)。

1988年2月，改設九保阿昌族鄉(xiāng)。