晉寧縣原系晉寧、昆陽兩縣合并組建。

夏商時(shí)屬梁州，戰(zhàn)國(guó)時(shí)，莊蹻入滇后在此建立滇國(guó)。

西漢元封二年（前109）設(shè)滇池縣，為滇王都邑及益州郡治所，同時(shí)置建伶縣（今昆陽）。

三國(guó)蜀漢滇池縣屬建寧郡。

東晉初年元帝時(shí)（317～322），改益州郡為晉寧郡，取晉代安寧之意，為使用“晉寧”之始，屬寧州，滇池縣為寧州治。

唐武德四年（621）置晉寧縣，屬昆州。

唐武德七年（624）以原建伶縣地置望水縣，治今大古城，屬鉤州。

南詔時(shí)升晉寧縣為晉寧州，屬拓東節(jié)度。

大理時(shí)為陽城堡部和巨橋部，均屬善闡府。

元憲宗七年立陽城堡萬戶府和巨橋萬戶府，旋改為晉寧州及昆陽州，屬中慶路。

明屬云南府，清沿用。

1913年改為晉寧縣和昆陽縣，均屬滇中道。

1916年廢道，直屬省。

1950年屬玉溪專區(qū)。

1958年昆陽縣并入晉寧縣，治移昆陽鎮(zhèn)。

1959年呈貢縣并入。

1960年改屬昆明市。

1963年原呈貢縣析出置呈貢區(qū)。

2016年11月24日經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)晉寧縣撤縣設(shè)區(qū)，沿用至今。