西漢時(shí)為扜彌國(guó)，西域三十六國(guó)之一。

神爵三年（前59）隸西域都護(hù)府。

東漢時(shí)歸西域長(zhǎng)史府管轄。

東漢末年，扜彌國(guó)被于闐國(guó)（今和田）吞并，扜彌國(guó)改稱寧彌。

唐設(shè)毗沙都督府。

北宋屬喀喇汗王朝，南宋屬西遼。

元隸斡端宣慰司元帥府。

清乾隆二十四年（1759）置四品阿奇木伯克，隸和闐辦事大臣。

光緒八年（1882），在喀拉喀什城（今墨玉縣）建于闐縣，時(shí)轄洛浦、策勒、民豐、且末。

光緒十一年（1885）于闐縣從喀拉喀什城東遷移治克里雅，即今于田縣城。

1920年屬和闐道。

1928年屬和闐行政區(qū)。

1939年，于闐屬和闐行政長(zhǎng)公署管轄。

1950年屬和闐專區(qū)專員公署。

1959年于闐縣簡(jiǎn)寫為于田縣。