新中國成立初，石人子溝村為迪化第一區(qū)（東區(qū)）蘆草溝地區(qū)石人子溝鄉(xiāng)管轄，1958年5月，改隸米泉縣東風公社第二大隊。

1960年11月，烏魯木齊縣蘆草溝公社管轄。

1984年命名為石人溝村。

1988年11月，石人子溝村由東山區(qū)蘆草溝鄉(xiāng)管轄。

2007年6月，石人子溝村屬“水磨溝旅游風景風景區(qū)辦公室”管轄。

2012年1月，石人子溝村隸屬于水磨溝區(qū)水磨溝街道“農(nóng)村事務管理辦公室”。

2013年12月，石人子溝村屬石人子溝街道，沿用至今。