秦代，隸屬匈奴，西漢納入漢朝版圖，漢、晉、南北朝時代，烏孫、柔然、高車先后在這里建立勢力范圍進行游牧。

西魏至隋代，西突厥汗國建立。

唐朝時期，設(shè)瑤池都督府，匐延都督府，武則天時設(shè)北庭都護府，宋朝時代為西遼統(tǒng)治，十三世紀(jì)初，為窩闊臺汗國統(tǒng)治，1309年，今額敏一帶為察哈臺汗國領(lǐng)地，1628年，準(zhǔn)噶爾部落游牧地，1762年，歸伊犁將軍管轄。

清乾隆二十九年（1764）屬塔爾巴哈臺參贊大臣所轄；光緒十四年（1888）隸塔城直隸廳。

1918年，析塔城縣置額敏縣，先后隸屬塔城道、塔城行政區(qū)。

1949年，額敏縣設(shè)有5個農(nóng)業(yè)區(qū)和1個牧業(yè)區(qū)，即：一區(qū)（城鎮(zhèn)）、二區(qū)（上戶）、三區(qū)（烏什水）、四區(qū)（滿漢營）、五區(qū)（瑪熱勒蘇、也木勒霍林蒙古區(qū)）；托里牧業(yè)區(qū)（現(xiàn)托里縣全境）。

1953年牧業(yè)改造時期，由額敏縣析置托里縣。

1958年成立人民公社，全縣又將5個區(qū)改為8個公社、六個農(nóng)牧場和一個城鎮(zhèn)，即：紅旗公社(郊區(qū)）、東風(fēng)公社（上戶）、十月公社（玉什喀拉蘇）、勝光公社（滿漢營）、突擊公社（瑪熱勒蘇）、前進公社（杰勒阿尕什）、后設(shè)庫魯木蘇公社、二道橋公社、（二道橋庫爾特）；農(nóng)牧場即：示范農(nóng)場（加爾布拉克）、機關(guān)農(nóng)場（闊什比克）、反修牧場（二支河）、紅星牧場（也木勒）、衛(wèi)星牧場（薩爾也木勒）、喇嘛昭煤礦牧場（柯爾克孜庫熱）。

1981年縣鎮(zhèn)成立了人民政府。

1984年政、社分設(shè)，共10個鄉(xiāng)、1個鎮(zhèn)、5個農(nóng)牧場。

10個鄉(xiāng)即：郊區(qū)鄉(xiāng)、上戶鄉(xiāng)、玉什喀拉蘇鄉(xiāng)、杰勒阿尕什鄉(xiāng)、瑪熱勒蘇鄉(xiāng)、二道橋鄉(xiāng)、霍吉爾特蒙古民族鄉(xiāng)、額瑪勒郭楞蒙古民族鄉(xiāng)、喀拉也木勒鄉(xiāng)、喇嘛昭鄉(xiāng)；1個鎮(zhèn)即：額敏鎮(zhèn)人民政府。

5個農(nóng)牧場即：也木勒牧場、薩爾也木勒牧場、二支河牧場、加爾布拉克農(nóng)場、闊什比克良種場。

2012年7月9日玉什喀拉蘇鄉(xiāng)變更為玉什喀拉蘇鎮(zhèn)、2012年7月15日杰勒阿尕什鄉(xiāng)變更為杰勒阿尕什鎮(zhèn)、2012年12月17日上戶鄉(xiāng)變更為上戶鎮(zhèn)，2013年9月10日瑪熱勒蘇鄉(xiāng)變更為瑪熱勒蘇鎮(zhèn)，2014年10月20日喀拉也木勒鄉(xiāng)變更為喀拉也木勒鎮(zhèn)。

2019年由139個行政村合并為119個行政村。