西漢時(shí)屬西域三十六國之一的尉頭國地。

三國北魏時(shí)屬龜茲。

隋屬疏勒。

唐代為安西都護(hù)府下屬的尉頭州。

元代屬別失八里行尚書省。

明代屬東察合臺(tái)汗國，后屬準(zhǔn)噶爾。

清乾隆年間設(shè)軍臺(tái)，稱巴爾楚克臺(tái)，為葉爾羌到阿克蘇十六軍臺(tái)之一。

1761年設(shè)葉爾羌辦事大臣，巴楚歸葉爾羌管轄，是阿克蘇與葉爾羌、喀什噶爾間的軍事、交通重鎮(zhèn)。

1877年清軍劉錦棠率部平定阿古柏之亂，駐扎在巴爾楚克。

1883年置瑪喇巴什直隸廳，屬喀什噶爾道。

1903年直隸廳改設(shè)為州，稱巴楚州，隸莎車府，下轄八大莊。

1913年改設(shè)巴楚縣，屬喀什噶爾道。

1929年屬喀什行政區(qū)。

1943年屬喀什督察專區(qū)。

1949年后，先后屬喀什專區(qū)、南疆行政區(qū)。

1950年成立巴楚縣人民政府。

1956年復(fù)改喀什專區(qū)，1978年后屬喀什地區(qū)。