會東上古秦時為邛都國地。

漢武帝元鼎六年（前111）會東地區(qū)屬會無縣。

唐昭宗天復(fù)二年（902）直至五代十國的后蜀時（907-965），會東地區(qū)先后為“大長和國”、“大天興國”、“大義寧國”和“大理國”等地方政權(quán)所割據(jù)。

明洪武年(1382)改屬四川布政司。

清雍正六年（1728），在西昌設(shè)寧遠府，改東川府屬云南省，今會東大部分地區(qū)屬寧遠府，東部金沙江沿岸的松坪、淌塘區(qū)域?qū)贃|川府。

嘉慶十六年（1811）設(shè)巧家廳治，今會東縣東部地區(qū)屬云南為巧家廳之善長里。

民國元年，會東縣原屬會理縣的東部地區(qū)改為洼烏分州，隸屬四川會理州。

民國二年（1913），洼烏分州改名洼烏分縣。

民國二十四年（1935），洼烏分縣改為會理縣第四區(qū)，不久又改名為鲹魚區(qū)。

1950年3月23日會東解放。

1952年7月1日，析會理縣東部地區(qū)和云南省巧家縣二區(qū)金沙江以西部分地區(qū)建立會東縣，縣政府駐參魚壩（今魚城街道），隸屬西康省西昌專員公署。

1955年10月隸屬四川省西昌專員公暑。

1978年10月隸屬涼山彝族自治州。

2004年，會東縣轄2個鎮(zhèn)、51個鄉(xiāng)，2019年12月，會東縣轄2個街道、13個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)。