漢源縣古名笮都，屬蜀國。

周慎靚王五年（316），秦滅蜀國置蜀郡，屬蜀郡。

西漢元鼎六年（111），漢武帝平定西南夷，析置沈黎郡，郡治笮都。

天漢四年（97），又撤沈黎入蜀郡，遂改笮都為牦�？h。

東漢靈帝時（168），置漢嘉郡，牦�？h隸于漢嘉郡。

晉惠帝光熙元年至穆帝永和二年（306至347），李雄在成都建立“成漢”政權(quán)，廢牦�？h，分置沈黎郡和漢源郡，南北朝時期（420至580）南朝齊、梁時，邑境荒沒，戶口銳減，更名為沈黎獠郡。

北朝西魏、北周，廢郡置黎州，復置牦牛縣（今九襄鎮(zhèn)）。

隋文帝于開皇九年（公元589年）統(tǒng)一全國后，將黎州改為登州。

煬帝大業(yè)元年（公元605年），罷州置郡，改牦�？h為漢源縣，隸臨邛郡。

唐代（公元618年至907年），推行“罷郡置州以領(lǐng)縣”，曾先后分設(shè)漢源縣（今清溪鎮(zhèn)）、飛越縣（今宜東鎮(zhèn)）、城陽縣（今唐家鄉(xiāng)）、陽山縣（今富林鎮(zhèn)）。

玄宗開元時，陽山改為通望縣。

肅宗乾元時，諸縣一并劃屬劍南道。

五代十國時（907至965）將漢源、通望二縣隸永平軍節(jié)度使。

宋太祖乾德三年（965），將通望等縣合并為漢源縣，屬成都路。

元、明兩代（1279至1644）廢縣，先置黎州長官司，隸四川行中書省。

后分置黎州守御千戶所及大渡河守御千戶所，至明神宗萬歷二十一年（1593），將東南部彝族聚居區(qū)授予松坪土司，一并隸屬四川布政使司。

康熙二十年（1681），合并兩千戶所稱黎大所，后于雍正七年（1729），將黎大所連同松坪土司治地一并設(shè)為清溪縣，屬雅州府。

1914年，以清溪縣與貴州省的清溪縣重名（音混），因此重新啟用漢源縣名，屬川邊道，后改屬四川省第十七行政督察區(qū)。

1939年西康建省，始劃歸西康省第二行政督察區(qū)。

1949年12月，西康省宣布起義后漢源被國民黨殘部竄據(jù)，至1950年3月漢源得解放。

解放后，縣政府駐地由清溪遷九襄。

1952年完成“土改”后，又由九襄遷富林。

1955年四川、西康合省后，漢源縣屬四川省雅安專區(qū)（今雅安市）。

2006年4月，由于國家重點工程瀑布溝水電站建設(shè)，報請國務(wù)院批準縣人民政府駐地由富林鎮(zhèn)遷至市榮鄉(xiāng)。

漢源縣的行政區(qū)域在解放后經(jīng)過幾次調(diào)整，即1950年7月將凰儀堡劃出，歸滎經(jīng)縣；1951年6月將越西縣大樹堡劃入；同年，將美羅、大沖兩鄉(xiāng)劃出，歸石棉縣；1956年1月將雙河鄉(xiāng)富強村的文崗坪劃出，歸石棉縣；1956年7月將峨邊縣永利鄉(xiāng)劃入；1980年3月將片馬鄉(xiāng)的利腳生產(chǎn)隊劃出，歸甘洛縣。

至此，漢源縣的行政區(qū)域趨于穩(wěn)定。

鄉(xiāng)級以上行政區(qū)劃變化情況：1951年土地改革時期設(shè)6個區(qū)（稱一區(qū)、二區(qū)、三區(qū)、四區(qū)、五區(qū)、六區(qū)），34個鄉(xiāng)（含大樹堡、代家田、下溪地、河南站4個農(nóng)會）；1953年民主建政后設(shè)7個區(qū)，5個鎮(zhèn)，45個鄉(xiāng)；1956年合作化時期設(shè)5個區(qū)，并將以數(shù)字順序排列的區(qū)名改為以中心場鎮(zhèn)命名，稱九襄區(qū)、宜東區(qū)、富林區(qū)、大樹區(qū)、皇木區(qū)，設(shè)2個鎮(zhèn)，31個鄉(xiāng)；1958年建立政社合一的人民公社，鄉(xiāng)改稱為公社，下設(shè)管理區(qū)，稱大隊，原農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社改為生產(chǎn)隊；1962年增設(shè)清溪區(qū)。

1981年9月全縣設(shè)6個區(qū)，3個鎮(zhèn)，42個公社。

1984年1月，改公社為鄉(xiāng)。

1985年6月，九襄鄉(xiāng)并入九襄鎮(zhèn)。

1992年9月，四川省人民政府以川府民政[1992]89號批復：撤銷了6個區(qū)公所、9個鄉(xiāng)，新建5個鎮(zhèn)、擴大3個鎮(zhèn)，保留32個鄉(xiāng)。

調(diào)整后的行政區(qū)劃為8個鎮(zhèn)、32個鄉(xiāng)，共計40個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。

2000年10月，經(jīng)省人民政府批準（川民政〔2000〕11號）小堡鄉(xiāng)更名為小堡藏族彝族鄉(xiāng)。

2010年1月漢源縣城遷蘿卜崗。

2012年11月，四川省人民政府（川府民政〔2012〕11號）批復：漢源縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃建制由原來的8個鎮(zhèn)、32個鄉(xiāng)調(diào)整為10個鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)（其中5個少數(shù)民族鄉(xiāng)），村民小組1619個。

2019年12月經(jīng)四川省人民政府（川府民政〔2019〕14號）批復：漢源縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃建制由10個鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)（其中5個少數(shù)民族鄉(xiāng)）調(diào)整為12個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)（包括5個少數(shù)民族鄉(xiāng)）。