先秦為蜀國地，秦惠文王后元九年（前316）為蜀郡地。
漢高祖六年（前201），析巴、蜀2郡置廣漢郡，領(lǐng)十三縣，境域分屬廣漢縣（縣治今射洪縣沱牌鎮(zhèn)通泉壩）、郪縣（縣治今三臺縣郪江鎮(zhèn)千子墳）。
西魏恭帝二年（555），析東遂寧郡，置懷化郡，巴興縣改為長江縣，以境內(nèi)有大江（涪江）故名，境域?qū)賾鸦らL江縣。
唐武德元年（618），遂寧郡復(fù)為遂州，境域隸屬遂州長江縣；上元二年（761年），“因舊縣不安，徙長江縣治于鳳凰川”（今大英縣回馬鎮(zhèn)長江村），為境內(nèi)置縣之始。
北宋乾德三年（965年），改劍南道為西川路；咸平四年（1001），四川地區(qū)劃為益州、梓州、利州、夔州四路，境域?qū)勹髦萋烽L江縣；明洪武九年（1376），遂寧州改為遂寧縣，蓬溪改屬潼川州，境域?qū)倥钕h。
次年，蓬溪縣并入遂寧縣，境域改屬遂寧縣；洪武十三年，蓬溪縣復(fù)置，境域?qū)倥钕h。
清雍正八年（1730），蓬溪縣在蓬萊鎮(zhèn)設(shè)巡檢署；乾隆元年（1736），改蓬萊巡檢署為鹽大使署；乾隆二十年，鹽大使署移至康家渡（今蓬溪縣紅江鎮(zhèn)），蓬萊鎮(zhèn)改設(shè)縣丞署。
清咸豐年間，蓬溪縣設(shè)中、東、西鄉(xiāng)，境域?yàn)椤拔鬣l(xiāng)”，置西鄉(xiāng)團(tuán)保局。
民國元年（1912），蓬溪縣隸屬四川省川北道潼川府，改蓬萊縣丞署為分知事署。
1935年，蓬溪縣改中、東、西鄉(xiāng)為三個區(qū)，廢蓬萊分知事，置蓬溪縣第三區(qū)區(qū)署，并下設(shè)聯(lián)保辦事處。
新中國成立后，1950年2月建置蓬萊區(qū)，區(qū)公所駐蓬萊鎮(zhèn)，隸屬蓬溪縣。
1997年12月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，析原蓬溪縣通仙、金元、智水3個鄉(xiāng)和玉峰、象山、卓筒井、天保、蓬萊、河邊、隆盛、回馬8個鎮(zhèn)以及紅江鎮(zhèn)的文武、永和、夏家溝3個村置大英縣。