秦設(shè)栒邑縣，因境內(nèi)盛產(chǎn)栒木得名。

西晉改名邠邑縣，大夏占領(lǐng)期間縣廢。

北魏太延二年（436）將三水縣（初設(shè)于今寧夏固原縣境）遷設(shè)境內(nèi)，后又將高平、爰得二縣遷設(shè)境內(nèi)，北周撤銷高平、爰得2縣，三水縣歷隋唐五代宋金800多年，到元至元七年（1270）撤銷，轄地并入淳化縣。

明成化十三年（1477）九月復(fù)設(shè)三水縣，1913年復(fù)名栒邑縣。

1934年10月，陜甘邊蘇維埃政府在境內(nèi)設(shè)立新正（一作新政）、永紅二縣，1937年5月撤銷永紅縣，1949年5月增設(shè)馬欄縣，同年7月撤銷新正縣，9月撤銷馬欄縣。

1958年12月撤銷栒邑縣制，轄地并入邠縣，1961年9月分出復(fù)設(shè)，1964年9月撤銷栒邑縣，改為旬邑縣至今。