商為契之封地，周屬商國，因境內(nèi)有山形似“商”字而得名。
鄭樵《通志》載：“商本山名，在州東南，周秦商於地。
故漢以縣，后周以名州�！薄短藉居钣洝贰叭」派天吨貫槊�。”夏商時(shí)為梁州之城。
周為古鄀國地。
秦孝公二十年(前342年)置商郡。
秦置商縣，屬內(nèi)史郡。
西漢置上洛縣，因位于洛河上游而得名，屬弘農(nóng)郡。
東漢屬京兆尹，三國屬京兆郡，西晉屬司州。
南北朝時(shí)期，仍以上洛名。
北周宣政元年（578年）置商州，“商州”正式成為政區(qū)名稱。
隋大業(yè)三年（607年）撤商州復(fù)設(shè)上洛郡。
唐武德元年（618年）撤郡復(fù)設(shè)商州；天寶元年（742年）撤州復(fù)設(shè)上洛郡；乾元元年（758年）撤郡再設(shè)商州。
五代屬京兆府。
北宋名商州，屬永興軍路。
金、宋、元、明代仍名商州。
清雍正三年（1725年）升為直隸州。
1913年廢商州，改設(shè)商縣。
1928年屬省。
1935年屬第四行政督察區(qū)。
1949年5月屬陜甘寧邊區(qū)商雒分區(qū)。
1953年5月將洛南縣廣東坪鄉(xiāng)、大河面鄉(xiāng)、韓子坪鄉(xiāng)劃歸商縣。
1950年屬商雒專區(qū)。
1958年11月份劃入丹鳳縣的龍駒、庾嶺、商鎮(zhèn)3個(gè)鄉(xiāng)。
1962年5月將龍駒、庾嶺、商鎮(zhèn)復(fù)歸丹鳳縣。
1969年屬商洛地區(qū)。
1988年6月撤銷商縣，設(shè)立縣級商州市。
2001年8月，撤商洛地區(qū)設(shè)立地級市商洛市，原縣級商州市改為商州區(qū)。