夏商屬雍州。

殷商晚期，為北方部族鬼方領地。

春秋為白狄族居地。

秦漢屬上郡膚施、陽周2縣。

北魏太和十一年（487）設朔方縣，屬東夏州朔方郡。

隋先后分屬雕陰郡綏德、城平、延福縣。

西魏大統(tǒng)初于今縣西北折家坪附近設綏德郡，大統(tǒng)十二年（546）置綏德縣為郡置。

隋開皇三年（583）郡廢，隋末縣廢。

唐武德元年（618）分屬并州道綏州城平、延福；貞觀九年（635）置渾州、寬州，后合并設為寬州。

北宋初屬陜西路、永興軍路城平縣。

康定元年（1040）筑土城，宋仁宗賜名青澗，元豐七年（1084）設青澗城，屬永興路綏德軍。

金大定二十二年（1182）青澗城升為青澗縣，隸鄜延路綏德州。

蒙古至元四年（1267）懷寧縣并入青澗。

元屬延安路綏德州。

明洪武四年（1371）改為清澗縣，屬延綏鎮(zhèn)榆林道；崇禎十六年（1643）改為天波府。

清順治二年（1645）復稱清澗縣。

雍正三年（1725）綏德州升為直隸州，清澗縣屬直隸州。

1913年屬陜西省榆林道。

1926年廢道，為省直轄縣。

1936年1月建立陜北省清澗縣蘇維埃政府。

1940年成立清澗縣人民政府，屬綏德分區(qū)。

1949年5月，隸屬陜北行署綏德分區(qū)。

1950年1月，屬陜西省綏德分區(qū)所轄。

1956年10月隸榆林專區(qū)。

1958年12月，并入綏德縣，1959年3月，清澗成為中心鄉(xiāng)，仍隸榆林專區(qū)綏德縣。

1961年，恢復清澗縣，屬榆林地區(qū)行政公署管轄。

2000年，榆林地區(qū)改為榆林市，清澗縣屬榆林市轄縣。

2001年，撤銷寨溝鄉(xiāng)，并入解家溝鎮(zhèn)，撤銷東拉河鄉(xiāng)，并入李家塔鎮(zhèn)。

轄石嘴驛、折家坪、解家溝、店則溝、高杰村、李家塔、玉家河、師家園則8鎮(zhèn)，郝家墕、樂堂堡、下二十里鋪、雙廟河、老舍窠、二郎山、石盤7鄉(xiāng)和秀延街道辦事處。

2011年7月7日，二郎山鄉(xiāng)并入解家溝鎮(zhèn)，郝家墕鄉(xiāng)并入石咀驛鎮(zhèn)，樂堂堡鄉(xiāng)并入寬州鎮(zhèn)，撤銷秀延街道辦事處。

轄石嘴驛、折家坪、解家溝、店則溝、高杰村、李家塔、玉家河、師家園則8鎮(zhèn)，下二十里鋪、雙廟河、老舍窠、石盤4鄉(xiāng)，有639個村民委員會和4個居民委員會。