解放初屬一區(qū)（新店）。

1956年2月撤區(qū)并鄉(xiāng)屬黃甫鄉(xiāng)；1958年9月屬城關(guān)人民公社黃甫管區(qū)五郡生產(chǎn)大隊(duì)，1961年5月屬黃甫公社五郡大隊(duì)；1984年更名為新店鄉(xiāng)五郡村民委員會，1997年新店鄉(xiāng)改為新店鎮(zhèn)。

2001年12月新店鎮(zhèn)并入城關(guān)鎮(zhèn)五郡村村民委員會歸城關(guān)鎮(zhèn)管轄。

2015年5月城關(guān)鎮(zhèn)改名城關(guān)街道辦事處，五郡村村委會歸城關(guān)街道管轄。

2016年11月湋川村村民委員會，并入五郡村村民委員會，仍名為五郡村村民委員會。