北宋設(shè)南陽(yáng)鄉(xiāng)，屬單州魚(yú)臺(tái)縣，元代一度衰落為南陽(yáng)村。

元至元十九年（1282）建京杭大運(yùn)河南陽(yáng)閘，因南陽(yáng)村得名，明1278年，文天祥經(jīng)南陽(yáng)鎮(zhèn)作《發(fā)魚(yú)臺(tái)》，稱南陽(yáng)鎮(zhèn)周圍為泗郊鎮(zhèn)甸，1282年開(kāi)濟(jì)州河時(shí)，建南陽(yáng)閘。

1293年南北大運(yùn)河通航后，南陽(yáng)成為運(yùn)河岸邊的重要商埠，元至順二年(1331)在與古老的泗水重合的京杭大運(yùn)河上重建南陽(yáng)閘。

從此，南陽(yáng)便有了名氣。

到了明代中期，南陽(yáng)已成為古運(yùn)河畔四名鎮(zhèn)(另有夏鎮(zhèn)、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州)之一，鎮(zhèn)名可見(jiàn)于嘉靖二十九年(1550)《重修正覺(jué)寺碑文》。

隆慶元年（1567）漕運(yùn)新渠通航后，工商業(yè)日漸興盛，人口驟增，遂成重鎮(zhèn)。

清末鐵路和海運(yùn)興起，內(nèi)河水路運(yùn)輸逐步蕭條，隨著南陽(yáng)湖的形成，南陽(yáng)鎮(zhèn)成為四面環(huán)水的島嶼，仍以南陽(yáng)鎮(zhèn)稱之。

1953年8月，由魚(yú)臺(tái)縣劃歸微山縣，屬八區(qū)，1956年9月復(fù)設(shè)南陽(yáng)鎮(zhèn)。

1958年成立南陽(yáng)人民公社，1965年字名南陽(yáng)區(qū)，1969年復(fù)名南陽(yáng)人民公社，1984年改稱南陽(yáng)鎮(zhèn)。