宋代時(shí)期，境域?qū)倥钊R縣沙門(mén)寨地。

元、明時(shí)期，屬蓬萊縣沙門(mén)社。

清末時(shí)期，始有南、北長(zhǎng)山之分。

清道光年間（1821年—1850年），在北長(zhǎng)山島上設(shè)北城社和店子社。

民國(guó)十七年（1928年），分設(shè)北城、店子2社。

民國(guó)二十三年（1934年），改設(shè)為北城鄉(xiāng)和北店鄉(xiāng)。

民國(guó)三十四年（1945年），屬?gòu)R島區(qū)；同年11月，改屬玉石區(qū)。

民國(guó)三十五年（1946年），重歸廟島區(qū)。

民國(guó)三十七年（1948年），在北長(zhǎng)山建率真鄉(xiāng)。

1949年，設(shè)廟島鄉(xiāng)。

1958年11月，長(zhǎng)島縣并入蓬萊縣，為長(zhǎng)島公社廟島大隊(duì)。

1963年6月，復(fù)置長(zhǎng)島縣，改設(shè)北長(zhǎng)山公社。

1984年，撤公社設(shè)北長(zhǎng)山鄉(xiāng)。

2000年12月，廟島鄉(xiāng)并入，改設(shè)北長(zhǎng)山區(qū)公所。

2003年2月，改設(shè)北長(zhǎng)山鄉(xiāng)。