明成祖永樂元年至宣德八年（1403～1433年），明朝設(shè)置海剌兒千戶所（今海拉爾區(qū)、鄂溫克族自治旗），隸屬奴兒干都司。

[28]清崇德四年至五年（1639年—1640年），為在黑龍江中上游以北的廣大地區(qū)建立起鞏固的統(tǒng)治，皇太極發(fā)動(dòng)了征服索倫部的戰(zhàn)爭(zhēng)，最終統(tǒng)一了索倫諸部，派軍隊(duì)在黑龍江北岸的索倫村屯駐守，將鄂溫克部落以氏族為單位編成佐，任命氏族酋長(zhǎng)為章京（佐領(lǐng)），并規(guī)定了索倫部眾按時(shí)向盛京納貢的義務(wù)。

每個(gè)鄂溫克男丁，都要交納貂皮一張作為貢賦。

通過這一系列的措施，清朝在黑龍江以北索倫部的廣大地區(qū)建立起有效的統(tǒng)治。

清順治年間，鄂溫克人南遷到嫩江流域，理藩院任命達(dá)如漢布勒、扎木蘇等人為首領(lǐng)，授予副都統(tǒng)印信，直接管轄鄂溫克等族事宜。

清雍正十年（1732年），清政府將布特哈（滿語，意為打牲）的5個(gè)阿巴（圍場(chǎng)）和3個(gè)扎蘭（滿語，連或隊(duì)之意）的達(dá)斡爾、鄂溫克、鄂倫春壯丁規(guī)定了旗色，編成了布特哈八旗。

同年，由布特哈遷來索倫（今稱鄂溫克）、厄魯特、巴爾虎、鄂倫春、達(dá)呼爾（今稱達(dá)斡爾）兵丁3000名，編入八旗，駐防呼倫貝爾，城址定于“海蘭兒（海拉爾）”，命名“呼倫貝爾城”。

清乾隆八年（1743年），設(shè)置呼倫貝爾副都統(tǒng)銜總管。

清乾隆五十五年（1790年），杜爾伯特太吉率三氏蒙古族厄魯特部遷錫尼河流域，也被編入索倫八旗。

民國六年（1917年）后，蘇聯(lián)境內(nèi)的部分蒙古族布利亞特部遷至伊敏河、錫尼河一帶。

民國十年（1921年），建布利亞特旗。

民國十七年（1928年），建厄魯特旗。

東北淪陷后，偽滿洲國撤黑龍江省。

將索倫八旗、布利亞特旗、厄魯特旗合并建索倫旗，隸屬于興安北省。

時(shí)索倫旗范圍包括當(dāng)代鄂溫克族自治旗全境以及當(dāng)代免渡河鎮(zhèn)、牙克石市市區(qū)、特尼河蘇木、海拉爾區(qū)建設(shè)街道和哈克鎮(zhèn)。

民國三十四年（1945年），劃入呼倫貝爾自治省。

民國三十七年（1948年），呼倫貝爾自治省改稱內(nèi)蒙古自治區(qū)呼倫貝爾盟。

1958年8月1日，改稱鄂溫克族自治旗。

1968年2月，自治旗革命委員會(huì)成立。

1969年8月1日，鄂溫克族自治旗隨呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省管轄。

1979年7月1日，隨呼倫貝爾盟重新劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。

1980年12月，撤銷旗革委會(huì)，恢復(fù)旗人民政府。

2001年10月，呼倫貝爾盟撤盟設(shè)市，鄂溫克族自治旗由呼倫貝爾市管轄。