大殿位于整個遺址的中心處,底部設置大型夯土臺基,高出地表6米。臺基分兩次筑成。早期筑成的臺基周邊開挖有寬1.3-1.7米的基槽,基槽內以石條砌護,平面呈“凸”字形。后期在“凸”字形兩側增筑,使臺基兩側使西擴展。早、晚兩期臺基的夯筑方法一致,皆是以一層土、一層碎磚瓦的方式分層夯筑。這種作法與南京明故宮遺址內宮殿地基的夯筑方法完全相同。但是早期夾夯的材料為普通的青磚、青瓦;而后期用料為素燒的琉璃碎片。而且后期加筑的臺基未開挖基槽。臺基分兩次建成的現(xiàn)象說明大殿在建造過程中曾經(jīng)有過設計調整。
此次清理了大殿北半部分(大殿南半部因現(xiàn)代建筑疊壓未能發(fā)掘)。大殿底部以素燒琉璃碎片墊基,并經(jīng)夯打。基址四周開挖寬約1.2米的基槽。殿內目前共發(fā)現(xiàn)三排五行共15個柱坑,殘存兩種型號的石柱礎,其中外柱柱礎邊長1.5、高0.75米;內柱柱礎邊長2、高1.75米。根據(jù)已發(fā)掘部分按對稱原理測算,大殿面闊七間,進深五間,南北長53.03、東西深36.3米。而我國古代等級最高的建筑——北京故宮太和殿的尺寸為:長63.93米、深37.17米。兩者比較可以看出,該殿僅比太和殿體量略小,充分體現(xiàn)了大報恩寺“準宮闕規(guī)制”的特點。