三岔河鎮(zhèn)始建于清代乾隆年間。

民國時期為六區(qū)；民國二十七年（1938年），為三岔河街；民國三十五年（1946年）4月，為第十區(qū)，民國三十六年（1947年），為三岔河區(qū)。

1958年9月，設三岔河鎮(zhèn)公社。

1962年，析三岔河、蔡家溝兩公社成立新城局公社。

1983年3月，三岔河公社改三岔河鎮(zhèn)。

1992年6月，與新安鄉(xiāng)合并為省級經(jīng)濟開發(fā)區(qū)。

1995年11月，扶余恢復縣治后為縣政府所在地。

2005年5月，新城局鄉(xiāng)并入三岔河鎮(zhèn)。

2006年，新城局農(nóng)業(yè)示范園區(qū)劃歸三岔河鎮(zhèn)管轄。

2013年，扶余市析三岔河鎮(zhèn)設立和興街道、育才街道、聯(lián)盟街道、士英街道、鐵西街道。