宋仁宗至清前期土司制度時期設(shè)卯洞安撫司、百戶司。

清朝雍正十三年（1735年）改土歸流時，廢卯洞司設(shè)仁育里，廢百戶司設(shè)勇敬里。

1914年始設(shè)區(qū)鄉(xiāng)，百福司為四區(qū)；1933年編組保甲，百福司仍屬四區(qū)，區(qū)公所設(shè)在百福司，轄5鄉(xiāng)、1鎮(zhèn)、50保；1936年屬新三區(qū)；1941年，撤銷區(qū)署，仍保留百戶司區(qū)署。

百戶司鎮(zhèn)轄智樂、仁育、勇敬3鄉(xiāng)。

1943年，仁育改為安撫鄉(xiāng)，勇敬改為卯洞鄉(xiāng)。

1946年，重新劃分各區(qū)鄉(xiāng)鎮(zhèn)之區(qū)劃，整編保甲，設(shè)卯洞鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所設(shè)在百福司；設(shè)安撫司鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所設(shè)在安撫司街上。

1947年，百戶司區(qū)署撤銷，實(shí)行保甲制度直到解放。

1949年11月來鳳解放時仍沿襲舊制，1949年12月，建立來鳳縣人民政府，改保甲制為村組建制，設(shè)卯洞區(qū)。

1958年人民公社化時期，卯洞區(qū)和漫水區(qū)合并為卯洞公社。

1984年6月2日，設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，卯洞公社又劃分成百福司鎮(zhèn)和漫水區(qū)，至此百福司鎮(zhèn)成立至今未變更。