由原巴山村、長灘村、金竹山村、水井河村合并而來。

明末清初屬土司管轄；清雍正十三年（1735）后屬安德鄉(xiāng)管轄；嘉慶二十五年（1820）后屬北鄉(xiāng)管轄；民國三十四年（1945）屬馬水鄉(xiāng)巴山保；1950年稱為四區(qū)馬水鄉(xiāng)巴山保；1951年至1953年屬七區(qū)（資丘）巴山鄉(xiāng)；1955年屬都鎮(zhèn)灣區(qū)巴山鄉(xiāng)；1958年公社化時(shí)，稱資丘公社巴山大隊(duì)和都鎮(zhèn)灣公社長灘、水井河、金竹山大隊(duì)；1961年恢復(fù)區(qū)鎮(zhèn)建制，屬于資丘區(qū)巴山大隊(duì)和都鎮(zhèn)灣區(qū)長灘、水井河、金竹坪大隊(duì)；1975年撤區(qū)并社，屬資丘公社巴山大隊(duì)和鴨子口公社長灘、水井河、金竹山大隊(duì)；1984年設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，上述4個(gè)大隊(duì)均改為村，同屬都鎮(zhèn)灣區(qū)馬連鄉(xiāng)；1987年區(qū)鄉(xiāng)體制改革，同屬鴨子口鄉(xiāng)；2002年上述4個(gè)村合并為鴨子口鄉(xiāng)巴山村至今。