李店全稱李家店，因李家店集鎮(zhèn)而得名。

1949年10月，安陸縣轄10區(qū)，李店隸屬于長(zhǎng)興區(qū)。

1952年10月，安陸縣轄7區(qū)1鎮(zhèn)，134個(gè)鄉(xiāng)。

李店隸屬于第一區(qū)22鄉(xiāng)里面的紫石鄉(xiāng)。

1954年8月區(qū)鄉(xiāng)調(diào)整，安陸縣轄6區(qū)1鎮(zhèn)88鄉(xiāng)，李店區(qū)轄13鄉(xiāng)。

1956年3月區(qū)、鄉(xiāng)再次調(diào)整，全鄉(xiāng)并為35鄉(xiāng)，李店隸屬第二區(qū)。

1958年9月建立人民公社，李店屬于上游人民公社。

1966年9月，各區(qū)更換名稱，李店改為東風(fēng)，1975年2月，撤區(qū)并社，李店隸屬于李店人民公社。

1984年1月復(fù)置區(qū)（鎮(zhèn)）李家店區(qū)公所住李家店鎮(zhèn)，轄4個(gè)管理區(qū)27個(gè)行政村1個(gè)街道。

2010年1月，將原十里管理區(qū)所轄十里、紅石、卓灣、新河、楚躍社區(qū)并入市經(jīng)洛開發(fā)區(qū)。

至此，李店鎮(zhèn)行政區(qū)劃由原來的27個(gè)行政村1個(gè)社區(qū)變成23個(gè)行政村1個(gè)社區(qū)。