清咸豐十一年（1861）稱馬坊鄉(xiāng)。

明屬潁川鄉(xiāng)，為南東保、南東中保及南西保、南西中保之一部。

清屬潁川鄉(xiāng)，為南東保及甘羅北保之一保。

1912年南部屬中區(qū)（即城區(qū)），北部屬葆智區(qū)（即北區(qū)）。

1930年南部屬第一區(qū)，北部屬第二區(qū)。

1936年屬第一區(qū)，有姚家、彪崗、藥樹庵三聯(lián)保及東關(guān)鎮(zhèn)聯(lián)保之一部。

1941年設(shè)馬坊鄉(xiāng)。

1949年設(shè)馬坊區(qū)。

1951年屬鄢陵縣第二區(qū)。

1956年改為馬坊鄉(xiāng)。

1958年改馬坊公社。

1983年公社改鄉(xiāng)。

1984年將城關(guān)鎮(zhèn)的解崗、程崗、卜崗、營崗、胡莊、前陳、姚莊、北丁莊、段莊劃入馬坊鄉(xiāng)。

2017年撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，屬鄢陵縣。