清朝入主中原后，視東三省為龍興之地，實行一系列封禁政策，禁漢人流入，將望奎指為索倫人圍場，允許索倫布族狩獵朝貢。

清光緒二十三年（1897），地域解禁，漢人方接踵而來。

光緒三十一年（1905），設海倫廳，為專管漢人之機關。

“光緒三十四年”(1908)，海倫直屬廳改為海倫府，同時，改雙龍城官辦為望奎鎮(zhèn)，并沿用至今。

民國初年，望奎屬海倫縣西南鄉(xiāng)。

1913年，因之商民云集，市面日興，舊有街基展放，經(jīng)士紳肖士德、王連科等稟請設治，未準。

中華民國成立后,隸屬海倫縣管轄。

1916年春,黑龍江省長公署批準,將海倫縣南部三道烏龍溝以南地區(qū)劃出,設置望奎設治局。

設治員嚴兆霖于同年9月20日抵望奎設局開辦,啟用關防"。

1918年2月11日,奉令將望奎設治局改為望奎縣,列為二等縣。

隸屬綏蘭道。

1929年2月,撤銷道制,由黑龍江省直轄。

東北淪陷后,初隸黑龍江省,1934年12月改隸濱江省。

1939年6月,劃歸新設之北安省管轄。

1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后,劃歸黑龍江省管轄。

1947年2月,隸屬黑嫩聯(lián)合省第三專區(qū)管轄,同年9月復歸黑龍江省管轄。

1956年3月,劃歸綏化專區(qū),1958年8月改由松花江專區(qū)管轄。

1965年6月,松花江專區(qū).更名為綏化專區(qū),望奎縣隸屬綏化專區(qū)。

1999年12月28日，國務院國函〔1999〕154號文件同意黑龍江省撤銷綏化地區(qū)，設立地級綏化市。

望奎縣歸地級綏化市所轄。

一直沿用至今。