清乾隆元年（1736）在大堡和水師中間建屯故名腰堡，1935年日偽在蒙古圖設(shè)保公署（鄉(xiāng)級），1939年實行“街村”制，治所遷至腰堡改為腰堡村公所（鄉(xiāng)級）。

解放后隸屬方臺、雙井區(qū)、九區(qū)。

1956年3月根據(jù)省關(guān)于“并村劃鄉(xiāng)”指示，建立腰堡鄉(xiāng)。

1959年3月人民公社化時以腰堡為界，以西劃為呼蘭鎮(zhèn)公社，以東劃為西沈公社，1961年5月成立腰堡人民公社。

1984年4月撤銷公社實行鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）建制改為腰堡鄉(xiāng)，1995年7月撤鄉(xiāng)設(shè)立腰堡鎮(zhèn)。

2001年8月鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整時劃歸呼蘭鎮(zhèn)。

2004年2月呼蘭縣撤縣設(shè)區(qū)，同年12月將呼蘭鎮(zhèn)劃分為4個街道，設(shè)立腰堡街道至今。