曾名“癩馬溝”、“乾元鎮(zhèn)”。

清代中葉后，為依克明安旗游牧之地。

清光緒三十二年（1906）劃歸拜泉縣管轄。

清宣統(tǒng)二年（1910），曹振東在此一片荒原大溝“開荒占草”，自養(yǎng)的幾匹馬都有癩，故得名“癩馬溝”。

中華民國時期，隸屬拜泉縣乾豐鎮(zhèn)區(qū)管轄。

東北淪陷后，定名乾元鎮(zhèn)，初隸第十二保，1938年5月改為協(xié)和村。

1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，為拜泉縣乾元區(qū)，后改為第十區(qū)。

1956年3月，撤區(qū)劃鄉(xiāng)，設(shè)置乾元鄉(xiāng)。

1958年9月，合并小鄉(xiāng)建立公社，成立興農(nóng)人民公社。

1984年3月，政社分開，改為興農(nóng)鎮(zhèn)，名稱沿用至今。