明，屬堤里社。

清，歸南董營。

民國，全縣劃分五個(gè)區(qū)，屬三區(qū)（西區(qū)）。

1938年4月，藁城縣抗日民主政府成立，全縣劃分八個(gè)區(qū)，歸六區(qū)。

1947年11月藁城恢復(fù)原建制，先后劃分八、十三個(gè)區(qū)，先后為六、八區(qū)管轄。

中華人民共和國成立后，先后劃分十、七個(gè)區(qū)，先后為六、五區(qū)管轄。

1953年7月，全縣劃分96個(gè)鄉(xiāng)，設(shè)立九門回族自治鄉(xiāng)，下轄九門1村。

1955年改稱南董區(qū)九門回族自治鄉(xiāng)。

1956年6月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，再設(shè)九門回族自治鄉(xiāng)，下轄4村，1958年8月“人民公社化”時(shí)，歸南董人民公社管轄，1961年5月，縮小公社規(guī)模，設(shè)九門人民公社，下轄5個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)。

1984年1月，公社改鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制，設(shè)九門回族鄉(xiāng)，下轄5個(gè)村民委員會(huì)。

1996年，撤鄉(xiāng)擴(kuò)鎮(zhèn)，撤銷只都鄉(xiāng)，并入九門回族鄉(xiāng)，下轄13村民委員會(huì)至今。