據(jù)清《崖州志》載，宋開寶五年（972年）振州（今三亞一帶）改為崖州，隸瓊州。宋熙寧六年（1073年），改崖州為珠崖軍。宋政和七年（1117年），改珠崖軍為吉陽軍。明清兩代則一直沿用“崖州”。歷經(jīng)建置沿革變遷，崖城古鎮(zhèn)一直是歷代州、軍治和民國政府所在地。
1950年崖縣解放，崖縣人民政府在崖城成立。
1954年建崖城鎮(zhèn)，1958年改立炮艇公社，1984年復(fù)置鎮(zhèn)。
2001年8月，崖城鎮(zhèn)、保港鎮(zhèn)、梅山鎮(zhèn)、雅亮鄉(xiāng)合并，設(shè)立崖城鎮(zhèn)。
2014年1月25日，國務(wù)院批復(fù)同意海南省撤銷三亞市所轄六鎮(zhèn)，新設(shè)四個市轄區(qū)。其中同意撤銷三亞市崖城鎮(zhèn)，設(shè)立三亞市崖州區(qū)，以原崖城鎮(zhèn)的行政區(qū)域為崖州區(qū)的行政區(qū)域，崖州區(qū)人民政府駐水南大道288號。
2014年10月23日，三亞市人大常委會第二十五次會議決定：分別成立三亞市吉陽區(qū)、海棠區(qū)、天涯區(qū)、崖州區(qū)第一屆人民代表大會籌缸�，负曾佷S父鞅廄諞喚烊嗣翊澩蠡嵯喙厥亂恕�
2015年1月2日，三亞市崖州區(qū)舉行成立大會暨揭牌儀式，崖州區(qū)黨委、區(qū)人大、區(qū)政府正式掛牌成立。