自西漢開疆海南后，歷朝代治于此。

隋大業(yè)三年（607）寧遠縣治，宋代開寶五年（972）改振州為崖州，為州治。

1912年廢直隸州，改名崖縣，為縣治。

從民國到1954年，為崖縣（三亞市前身）縣城所在地。

1958年成立崖城人民公社，1983年撤銷人民公社建制，改為崖城區(qū)，1987年1月撤銷區(qū)鄉(xiāng)建制，改為崖城鎮(zhèn)。

2001年，三亞市進行撤并鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃改革，將原崖城鎮(zhèn)、保港鎮(zhèn)、梅山鎮(zhèn)、雅亮鄉(xiāng)整建制合并為崖城鎮(zhèn)（2004年將原雅亮鄉(xiāng)管轄范圍劃給新成立的育才鎮(zhèn)轄）。

2014年經(jīng)國務(wù)院批準，三亞市撤并區(qū)鎮(zhèn)，將崖城鎮(zhèn)改為崖州區(qū)沿用至今。