民國(guó)四年（1915年），屬西區(qū)轄地。
民國(guó)三十年（1941年），屬龍泉鄉(xiāng)。
1950年，屬三區(qū)之龍泉和天山鄉(xiāng)。
1956年，屬?gòu)埣艺瘏^(qū)南盆、胡家灣鄉(xiāng)。
1958年公社時(shí)代，取名黃祖山大隊(duì)，屬?gòu)埣艺绻茌牎?/p>
1961年，撤銷以區(qū)為公社的建制，將管理區(qū)改為公社。
1963年，黃祖山大隊(duì)屬?gòu)埣艺瘏^(qū)管轄。
1972年，公社區(qū)劃調(diào)整，張家寨區(qū)撤銷良田壩公社并入香家灣、竹園兩個(gè)公社，黃祖山大隊(duì)屬竹園公社管轄。
1984年社改鄉(xiāng)，建立竹園鄉(xiāng)、胡家灣鄉(xiāng)、南盆鄉(xiāng)，黃祖山村屬?gòu)埣艺瘏^(qū)的竹園鄉(xiāng)管轄。
1992年2月，貴州省人民政府批準(zhǔn)思南縣進(jìn)行“建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)”工作，同年10月，撤銷竹園鄉(xiāng)、胡家灣苗族土家族鄉(xiāng)、南盆土家族苗族鄉(xiāng)合并建立胡家灣苗族土家族鄉(xiāng)，轄原三個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)的共15個(gè)行政村，黃祖山村屬胡家灣苗族土家族鄉(xiāng)管轄。
2007年4月，縣人民政府下達(dá)《關(guān)于撤小村并大村整合的批復(fù)》，全縣開(kāi)展撤小村并大村工作，把全縣561個(gè)村合并成168個(gè)村，胡家灣苗族土家族鄉(xiāng)將原15個(gè)村合并為4個(gè)村，其中，竹園村由光明村、黃祖山村、江峰村、白巖塘村合并而成。
2010年11月16日，胡家灣苗族土家族鄉(xiāng)調(diào)整設(shè)置為14個(gè)行政村，1個(gè)社區(qū)，黃祖山村更名為皇主山，屬胡家灣苗族土家族鄉(xiāng)管轄。