秦始皇三十三年（前214），置夜郎縣于今縣境西部，屬象郡。

漢代屬夜郎國(guó)、牂牁郡地。

梁天監(jiān)年間，置建昌縣，侯景叛亂后，僑置夜郎郡，隸武州。

隋開(kāi)皇元年（581）廢南陽(yáng)郡置壽州于石阡。

開(kāi)皇十八年，改壽州為充州。

唐武德三年（620），復(fù)置充州。

武德四年，重置夜郎縣。

唐貞觀四年（630）置夷州。

宋大觀三年（1109），復(fù)置都上縣。

元世祖至元年間置石阡軍民長(zhǎng)官司，隸思州宣撫司。

明初改石阡長(zhǎng)官司隸思南宣慰司。

明永東十一年（1413）置石阡府，轄龍泉葛彰葛商，苗民，石阡正、石阡副五長(zhǎng)官司。

萬(wàn)歷二十九年（1601）改龍泉長(zhǎng)官司為龍泉縣。

清康熙二年（1663）裁葛彰葛商長(zhǎng)官司。

五十年裁苗民長(zhǎng)官司。

雍正八年（1730）裁石阡正司。

領(lǐng)龍泉縣、副長(zhǎng)官司。

1914年石阡改府為縣。

屬黔東道。

1935年屬第九行政督察區(qū)。

1937年屬第一行政督察區(qū)。

1943年屬第六行政區(qū)。

1949年11月15日，石阡解放。

1950年2月8日，石阡縣人民政府成立。

1970年隸屬銅仁地區(qū)。

2011年屬銅仁市。

2015年，石阡縣部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整，形成轄3街道6鎮(zhèn)10鄉(xiāng)的格局。