元至元二十年（1283年），置赤溪（今司前一帶）、禿羅（今塘洞一帶）長官司。

明洪武二十五年（1392年），設(shè)邛水一十五洞蠻夷長官司，司治蕩洞（今司前村）。

清宣統(tǒng)年間（1909年—1911年），邛水縣丞設(shè)兩區(qū)，今長吉鄉(xiāng)境屬一區(qū)。

民國十五年（1926年），設(shè)長吉區(qū)。

民國三十年（1941年），撤區(qū)建長吉鄉(xiāng)。

1949年11月，長吉鄉(xiāng)改建長吉區(qū)。

1950年，瓦寨區(qū)并入長吉區(qū)，長吉區(qū)轄長吉鄉(xiāng)和瓦寨鄉(xiāng)。

1953年，長吉區(qū)遷瓦寨，改稱瓦寨區(qū)，燒巴、長吉、赤瓦、矮子秧4鄉(xiāng)屬瓦寨區(qū)。

1957年，撤區(qū)聯(lián)鄉(xiāng)，建立長吉基層委員會。

1958年，撤基層委員會建樂園公社，駐長吉，轄長吉、貴秧、燒巴、良上4管理區(qū)。

1959年，撤樂園公社，其管理區(qū)并入瓦寨公社。

1961年，成立長吉公社，屬瓦寨區(qū)。

1963年，分設(shè)長吉、燒巴、貴秧3公社。

1984年，改稱長吉鄉(xiāng)、燒巴鄉(xiāng)、貴秧鄉(xiāng)。

1992年，長吉、燒巴、貴秧3鄉(xiāng)合并為新的長吉鄉(xiāng)。

2016年4月，長吉鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。