春秋屬牂牁古國，戰(zhàn)國屬大夜郎國，漢屬牂牁郡，唐宋為羈縻清州，元為亦溪不薛（水西）宣慰司六慕則溪。

明洪武二十三年(1390)，分貴州宣慰司地置威清衛(wèi)，隸貴州都司。

崇禎三年（1630），以水外六目地所在的六慕則溪引葉遮勒目駐地置鎮(zhèn)西衛(wèi)。

清康熙二十六年(1687)，裁威清、鎮(zhèn)西兩衛(wèi)及其所屬的赫聲、威武二守御千戶所，以其轄境合并置清鎮(zhèn)縣，隸安順府。

1912年廢清代縣署，設(shè)清鎮(zhèn)縣行政公署，隸貴西道。

1920年直隸于省。

1927年改行政公署為縣政府，屬第一行政督察區(qū)。

1936年改屬第二行政督察區(qū)。

1937年直隸于省。

1949年置清鎮(zhèn)縣，屬貴陽專區(qū)。

1952年屬貴定專區(qū)。

1956年屬安順專區(qū)。

1958年屬貴陽市。

1963年復(fù)歸安順專區(qū)，1970年屬安順地區(qū)。

1992年11月撤縣設(shè)市(縣級)，屬安順地區(qū)。

1995年7月由省直轄。

1996年1月起由貴陽市代管。