萬秀區(qū)有2100多年的歷史，漢元鼎六年（公元前111）起，萬秀區(qū)域即為梧州城廓，是歷代郡、州、府、道、縣治所在地。

1950年前，設大中、平桂、北山、九九坊鎮(zhèn)。

1950年，合并成城中、城北鎮(zhèn)；1953年5月，撤鎮(zhèn)設立第一區(qū)人民政府。

1955年設立城中、城北、和平街道辦事處；1958年9月，撤銷辦事處，建立城南、城北和水上3個區(qū)公所。

1960年4月，又分別改稱為白云、萬壽和鴛江3個人民公社。

1968年9月將白云、萬壽和鴛江人民公社改為東方紅、紅星、東風人民公社革命委員會。

1979年2月撤銷東方紅、紅星和東風3個人民公社革命委員會，改為萬秀、白云、鴛江區(qū)革命委員會。

1980年8月撤銷革委會，成立萬秀、白云、鴛江區(qū)人民政府。

1984年9月撤銷鴛江區(qū)，并入白云區(qū)，1990年8月，撤銷白云區(qū)，并入萬秀區(qū)。

2003年區(qū)劃調整，萬秀區(qū)增轄蒼梧縣旺甫鎮(zhèn)和郊區(qū)城東鎮(zhèn)2鎮(zhèn)，劃出塘源社區(qū)歸蝶山區(qū)管轄。

2013年2月行政區(qū)劃調整，撤銷梧州市蝶山區(qū)、萬秀區(qū)，成立新的梧州市萬秀區(qū)，轄城東、夏郢、龍湖3個鎮(zhèn)和城東、城南、城中、城北、角嘴、富民、東興7個街道。

2019年街道調整，城東街道并入城南街道，城中街道并入城北街道，轄城東、夏郢、龍湖3個鎮(zhèn)和城南、城北、角嘴、富民、東興5個街道。