南江口鎮(zhèn)在周代屬百越。

晉代末年屬晉化縣，曾為縣署所在地。

在清代屬羅定州西寧縣太平都，置名仙平甲。

民國二年（1913年）至解放初期改稱仙平鄉(xiāng)，屬郁南縣第二區(qū)。

民國三十五年（1946年）與上四（羅旁）、瀝源（地心）合并太平鄉(xiāng)（鄉(xiāng)府駐地羅旁）。

民國三十七年九月（1948年9月）太平鄉(xiāng)又按原來的三個小鄉(xiāng)劃分，恢復(fù)仙平鄉(xiāng)。

1950年合并連灘屬第四區(qū)。

南江口圩初為平羅行政村的駐地。

1953年，改稱平羅鄉(xiāng)。

1957年與南渡鄉(xiāng)合并稱南江口鄉(xiāng)。

1956年12月，原來第二區(qū)（仙平鄉(xiāng)）劃分南江口、古蓬兩個小鄉(xiāng)，仍屬連灘四區(qū)所轄。

1958年4月，南江口、古蓬合并為南江口鄉(xiāng)。

同年10月，該鄉(xiāng)是東風(fēng)人民公社的一個管理區(qū)。

1961年10月，從東風(fēng)人民公社分出成立南江口人民公社，翌年與西江人民公社合并稱南江口人民公社。

1983年8月，稱南江口區(qū)。

1987年，建南江口鎮(zhèn)。