明清時(shí)期，南山鎮(zhèn)境域?qū)偬洁l(xiāng)。
民國(guó)元年（1912年），沿襲清制。
民國(guó)二十年（1931年），五里建立第四區(qū)（南區(qū)）；城南屬徐一區(qū)。
民國(guó)三十年（1941年），五里撤第四區(qū)歸南安鄉(xiāng)管轄。
1950年5月，五里屬徐一區(qū)。
1957年，城南屬附城鄉(xiāng)；五里撤區(qū)并鄉(xiāng)，改稱竹山鄉(xiāng)。
1958年10月，城南、五里同屬附城公社（又稱紅旗公社）。
1961年3月，五里從附城公社析出成立竹山公社。
1965年，五里撤竹山公社，歸入附城公社。
1979年，城南、城北、海安、五里從附城公社析出，成立城南、城北、海安、五里公社。
1983年，城南公社改稱城南區(qū)公所，五里公社改稱五里區(qū)公所。
1987年，撤區(qū)建鄉(xiāng)，改稱城南鄉(xiāng)、五里鄉(xiāng)。
2003年，撤鄉(xiāng)合鎮(zhèn)，城南鄉(xiāng)、五里鄉(xiāng)合并成南山鎮(zhèn)。