石扇鎮(zhèn)因地理關(guān)系，區(qū)鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政的設(shè)置都比較專一。

清康熙年間，全縣設(shè)36堡，石扇設(shè)立石扇堡，轄六約。

民國二十年（1931年），屬梅縣第二區(qū)管轄。

民國二十九年（1940年），改為石扇鄉(xiāng)，下轄17保。

1949年，中華人民共和國成立后為石扇區(qū)。

1950年3月，并入城北區(qū)，設(shè)石扇鄉(xiāng)，村建制不變。

1952年3月，石扇恢復(fù)區(qū)的設(shè)制，稱第三區(qū)公所。

1956年，撤區(qū)并鄉(xiāng)，稱石扇鄉(xiāng)人民政府。

1958年11月，成立人民公社，稱石扇公社，下設(shè)12個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)，大隊(duì)下設(shè)生產(chǎn)小隊(duì)。

1958年冬，梅蕉合縣，并入新鋪公社，石扇設(shè)管理區(qū)，各大隊(duì)、生產(chǎn)隊(duì)未變。

1961年，分出蕉嶺縣，恢復(fù)石扇公社。

1968年4月，改稱石扇革命委員會。

1980年，撤銷石扇革命委員會，稱石扇公社。

1983年，取消人民公社建制，稱石扇區(qū)公所。

1987年5月，廢區(qū)設(shè)鎮(zhèn)，稱石扇鎮(zhèn)人民政府。