清朝初年閩南等地漁民遷居于此，從事漁耕。

清康熙二十年（1681）漸成村。

原屬澄�？h蘇灣都。

1921年廢都設(shè)區(qū)。

1949年屬蘇北區(qū)。

1950年與石丁、大圍、明德、南砂合稱(chēng)新聯(lián)鄉(xiāng)，屬三區(qū)。

1958年9月成立澄�？h人民公社，屬第一支隊(duì)117團(tuán)。

1959年屬蘇北人民公社。

1961年屬東隴人民公社，時(shí)南洲、明德、大圍、石丁合稱(chēng)南洲生產(chǎn)大隊(duì)。

1971年9月，南洲生產(chǎn)大隊(duì)調(diào)整為南洲、明德、大圍、石丁4個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)，屬東里人民公社。

1980年屬東里鎮(zhèn)。

1984年1月設(shè)南畔洲管理區(qū)。

1986年11月設(shè)南畔洲村。

1990年9月設(shè)南畔洲管理區(qū)。

1998年9月設(shè)南畔洲村，沿用至今。