。

1955年10月合并區(qū)、鄉(xiāng)機構(gòu)后，今水草溝村仍屬肖家鄉(xiāng)轄。

1958年12月成立碧口公社，為碧口公社水草溝大隊。

1961年公社劃小，為肖家公社水草溝大隊。

1983年10月肖家公社改為肖家鄉(xiāng)，屬肖家鄉(xiāng)轄。

1984年4月水草溝大隊改為水草溝村，村下建合作社。

1986年設立水草溝村村民委員會，所屬合作社改稱村民小組。

2004年4月撤銷肖家鄉(xiāng)，水草溝村并入中廟鄉(xiāng)，屬中廟鄉(xiāng)轄。

2016年中廟鄉(xiāng)改為中廟鎮(zhèn)，屬中廟鎮(zhèn)轄。