秦始皇統(tǒng)一六國后，為隴西郡所轄九縣之一。

漢高祖二年（前205），置首陽縣，治今清源鎮(zhèn)東北，屬隴西郡。

西魏大統(tǒng)十七年（551）改稱渭源縣，以渭水發(fā)源于境內(nèi)鳥鼠山故名，為渭源郡治。

唐寶應(yīng)二年（763）為吐蕃占據(jù)。

北宋熙寧五年（1072）筑渭源堡，屬熙州。

元至元十三年（1276）升渭源堡為縣，屬陜西行中省鞏昌路臨洮府。

明屬陜西布政使司。

1913年屬蘭山道。

1936年屬第一、第九行政督察區(qū)。

1944年析渭源縣置會(huì)川縣，治今會(huì)川鎮(zhèn)。

1949年渭源、會(huì)川2縣屬岷縣專區(qū)。

1950年屬定西專區(qū)。

1958年撤銷渭源縣并入隴西縣。

1961年恢復(fù)渭源縣，沿用至今。