新中國成立前，屬于部落頭領管轄，主要有亞拉格和賀郎格兩大部落統(tǒng)管。

1950年2月，明花鄉(xiāng)與祁連直屬鄉(xiāng)合并設立祁明區(qū)，下設五個鄉(xiāng)，屬現(xiàn)酒泉市肅州區(qū)管轄。

其中在明花鄉(xiāng)有明海鄉(xiāng)和蓮花鄉(xiāng)（含前灘）。

1954年肅南裕固族自治縣成立時，劃歸肅南縣，同年單獨設立明花區(qū)，轄明海、蓮花、前灘三個鄉(xiāng)。

1958年改稱紅星人民公社，轄前灘、明海、蓮花三個生產大隊。

1959年與祁豐合并設立祁明人民公社，1960年夏與祁豐分離設立雙海人民公社。

1961年雙海人民公社分設明海、蓮花（含前灘）兩個公社。

1962年機構調整后復設明花區(qū)公署，轄前灘、明海、蓮花三個人民公社，1967年更名為南泥灣區(qū)，1971年恢復原名稱，區(qū)公署仍然設在蓮花鄉(xiāng)黃土坡村境內。

2001年12月區(qū)公署搬遷到明海鄉(xiāng)許三灣村。

2004年12月撤區(qū)并鄉(xiāng)，撤銷明花區(qū)公署，將原明花區(qū)的明海鄉(xiāng)、蓮花鄉(xiāng)、前灘鄉(xiāng)合并為明花鄉(xiāng)。

2011年11月25日明花鄉(xiāng)人民政府搬遷至許三灣村。