南宋時(shí)，因塘中小嶼曾稱：蓮花嶼之來歷，故明末清初時(shí)，沿塘被雅稱為蓮嶼。

直至民國33年（1944年）保甲制時(shí)，蓮嶼屬青陽鄉(xiāng)蓮嶼保。

建國后，1956年屬青陽鎮(zhèn)；1959年屬青陽公社蓮嶼大隊(duì)；1960年由蓮嶼大隊(duì)拆出部份居民，組成蓮嶼居委會；1980年屬青陽鎮(zhèn)蓮嶼大隊(duì)；1984年改為青陽鎮(zhèn)蓮嶼村委會，（1992年10月間，三行拆出成立霞行村委會）2004年青陽鎮(zhèn)撤銷蓮嶼村委會劃歸青陽街道與蓮嶼居委會整合為蓮嶼社區(qū)居委會。