周口店鎮(zhèn)在清朝時期（1644年-1911年）為周口里；民國五年（1916年），屬房山縣二區(qū)。

1949年，周口店鎮(zhèn)屬房山縣七區(qū)。

1952年，周口店鎮(zhèn)屬京西礦區(qū)周口店小區(qū)。

1953年，周口店鎮(zhèn)屬京西礦區(qū)周口店鄉(xiāng)。

1956年，周口村鄉(xiāng)并入周口店鄉(xiāng)。

1958年2月，西莊、新街2鄉(xiāng)并入周口店鄉(xiāng)；5月，劃歸周口店區(qū)，并入城關人民公社。

1960年，周口店鎮(zhèn)屬房山縣。

1961年，城關人民公社改周口店人民公社；7月，設周口店鄉(xiāng)。

1963年，周口店鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。

1968年，周口店鎮(zhèn)并人周口店人民公社。

1983年，周口店公社改鄉(xiāng)。

1989年，撤鄉(xiāng)設周口店地區(qū)辦事處。

1993年，黃山店鄉(xiāng)、長溝峪辦事處劃入周口店地區(qū)辦事處。

2000年，在周口店地區(qū)辦事處設周口店鎮(zhèn)。