西漢時期始設(shè)昌平縣。
明正德元年（1506）縣升為州，公元1913年撤州設(shè)縣。
1949年4月昌順聯(lián)合縣分社昌平縣，屬察哈爾省南口專區(qū)；8月1日起屬河北省通縣專區(qū)。
1956年3月9日國務(wù)院全體會議第25次會議決定：撤銷昌平縣，將昌平縣所屬行政區(qū)域（高麗營鎮(zhèn)除外）劃歸北京市，并命名為昌平區(qū)。
1960年1月7日國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷昌平區(qū)，恢復(fù)昌平縣。
1999年9月16日，《國務(wù)院關(guān)于同意北京市撤銷昌平縣設(shè)立昌平區(qū)的批復(fù)》國函〔1999〕112號，撤銷昌平縣，設(shè)立昌平區(qū)，以原昌平縣的行政區(qū)域?yàn)椴絽^(qū)的行政區(qū)域，區(qū)人民政府駐政府街。
2022年，昌平區(qū)下轄8個街道、14個鎮(zhèn)。